1970 yılında Gümüşhane'nin Köse ilçesinde dünyaya geldi. Fotoğrafçılığa 1986 yılında Trabzon?da başladı. Aynı yıl Trabzon Kuzey Haber Gazetesi'nde foto muhabirliğinden sonra sırasıyla Günaydın, Hürriyet, Türkiye gibi gazetelerin çeşitli illerde bölge muhabirliğini yaptı. Ardından İHA (İhlâs Haber Ajansı), Hürriyet Haber Ajansı ve DHA gibi ajanslarda muhabirlik yaptı. 

DHA muhabiriyken ABD?nin Irak operasyonunda iki buçuk ay sınırda haberci olarak görev aldı. 

2003 yılında Milliyet Gazetesinde foto muhabirliğine başladı. 1998 yılında "Tüm Yönleriyle Köse" adlı kitabın fotoğraflarına imza attı. 2006 yılında Anadolu?da kadınların yaşam şartlarını anlatan "Işığa Tutunmak" adlı fotoğraf kitabını Truva Yayınları'ndan çıkardı. Hava fotoğraflarından oluşan ilk kişisel fotoğraf sergisini Feshane?de, "Gökkuşağı Altında Bir Şehir" adıyla 2008?de açtı. 

Bünyamin Aygün, Gümüşhane?nin ilk defa havadan çekilen fotoğraflarının da yer aldığı "210 fotoğrafla Gümüşhane" adlı bir albüm kitap çıkardı ve kitabın tüm gelirini Gümüşhaneli üniversite öğrencilerine bağışladı. Kül adlı kitabı 2010 yılında çıkardı. 

2003 yılında Milliyet Gazetesi'nde çalışmaya başladı. Milliyet Gazetesi'nde foto muhabir olarak çalıştığı dönemde, 26 Kasım 2013'te haber amacıyla gittiği Suriye'de El Kaide bağlantılı IŞİD (Irak Şam İslam Devleti) tarafından kaçırıldı. 6 Ocak 2014'te Özgür Suriye Ordusu'nun düzenlediği bir operasyonla özgürlüğüne kavuştu ve Türkiye'ye döndü. 

Bünyamin Aygün, Milliyet Gazetesi'ndeki görevini halen sürdürüyor ve sıcak savaş bölgelerinde foto muhabirlik yapmaya devam ediyor. 

- IŞİD'in Elinde 40 Gün (Biyografi, 2015), Doğan Kitap

- Işığa Tutunmak (Fotoğraf, 2006) 

- Gümüşhane (Fotoğraf, 2009) 

- Türkiye'nin Çatıları (Fotoğraf, 2011) 

- Kül: Bir Şehidin Gerçek Hayat Hikayesi (Roman, 2011)