1992-1997 yılları arasında Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Ortopedi ve Travmatoloji Anabilim Dalı'nda araştırma görevlisi olarak görev yaptı. Burada 1997-1998 yılarında öğretim görevlisi olarak çalıştı. Milana'daki Observer-Lecco General Hospital ve ABD'deki Baltimore Limb Lengthening Centre'de branşıyla ilgili çalıştı.

1998-2003 yılları arasında İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi Ortopedi ve Travmatoloji Anabilim Dalı'nda yardımcı doçent doktor olarak görev aldı. Rusya'daki Kurgan Limb Deformity Centre, ABD'deki San Diego Hospital for Children ve AI Dupont Hospital for Children'da araştırmalar yaptı.

Prof. Dr. Muharrem İnan, 2006-2010 yılları arasında doçent doktor unvanı ile Yeditepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde görev aldı. Daha sonra profesör unvanı aldı. 2010 yılından bu yana İstanbul Üniversitesi Cerrahpasa Tıp Fakültesi Otrtopedi ve Travmatoloji Bölümü'nde görev yapmaya devam ediyor.

51 özgün araştırma ve makalesi, uluslararası bilimsel toplantılarda sunulan 28 sözlu sunum ya da posteri olan İnan, birçok uluslararası akademik yayın ve dergide hakemlik yapıyor. İnan, branşında birçok araştırma ödülüne sahip.