iPhone'un en önemli eksiği sadece kulaklık ve benzeri yan ürünlerle kullanılmak için tasarlanan Bluetooth özelliği. iPhone'un Bluetooth yoluyla bir başka bilgisayar ya da cep telefonu ile veri alışverişi yapma özelliği yok.

Bütünleşik olarak tasarlandığı için iPhone'un pilini değiştirmek mümkün değil. Apple'ın bir diğer ürünü olan iPod'larda da pil değiştirememe sorunu yaşanıyor.

Ortalama 2 senelik pil ömrü sonlandığında ancak yüksek maliyetli Apple servislerine götürerek pil değiştirilebiliyor. iPhone internet tarayıcısı olarak Safari'yi kullandığından Flash desteği yok.

iPhone'da dosya aktarımları için fabrika ayarları ile birlikte gelen iTunes yazılımı haricinde başka bir yazılım kullanılamıyor. iPhone'da bilgisayara bağlandığında iTunes yazılımı olmadan USB kablo ile doğrudan veri transferi mümkün değil.

iPhone'larda kamera özelliği olmasına rağmen video kayıt fonksiyonu yok. iPhone'larda video kaydedebilmek standart olarak gelen bir özellik olmadığı için harici yazılımlara ihtiyaç duyuluyor.